Además de su función de investigación y conservación del patrimonio arqueológico exhibe una colección permanente con un recorrido cronológico y didáctico: fósiles paleontológicos, útiles paleolíticos, neolíticos, vestigios de la Edad del Bronce y la Edad del Hierro, una importante colección de época romana (destacando los mosaicos) y elementos de cultura material de las edades Antigua, Media y Moderna, llegando a la arqueología de la época industrial.
El museo realiza exposiciones temporales de temática arqueológica e histórica.
Entre sus dependencias se encuentra la Biblioteca Emeterio Cuadrado, de uso restringido, especializada en Arqueología, Cartografía de la Comunidad de Madrid, Museología y Restauración.

El Convento de la Madre de Dios fue fundado en 1565, aunque la construcción actual data de los siglos XVII y XVIII. Durante la invasión francesa (1808-1814) se utilizó como cuartel de caballería. Tras la Desamortización de 1836 fue adquirido por el Ayuntamiento de Alcalá y utilizado como cárcel y juzgado, siendo ampliamente modificado y sufriendo una importante degradación, que ha detenido la rehabilitación actual, realizada bajo la dirección del arquitecto argentino Néstor Chprintzer.
Las obras continúan, y se prevé la ampliación de su superficie anexionando el solar ocupado hasta 2008 por la Comisaría de Policía Nacional de Alcalá de Henares, que ha sido trasladada a un edificio de nueva construcción. Las obras, adjudicadas en diciembre de 2010 con un plazo de ejecución de siete meses, aumentarán la superficie construida en un 44%.[1] La más reciente intervención por el momento, en el mes de mayo de 2007, ha sido el acristalamiento y acondicionamiento del patio interior, que ha pasado a usarse como espacio cultural, para representaciones teatrales y conciertos, pues permite acoger a un público de aproximadamente 200 personas.
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